《从百草园到三味书屋》的主题是什么?众说纷纭。就其主要分歧来说：一种意见认为，本文的主题在于批判封建教育制度。另一种意见认为，不在于批判封建教育制度。
1.主题在于批判封建教育制度
李何林认为：本篇的中心思想是揭露和批判封建腐朽、脱离儿童实际的私塾教育，用乐园似的百草园生活来和阴森、冷酷、枯燥、陈腐的三味书屋相对比，一个是多么适合儿童心理，表现了儿童的广阔的生活乐趣；一个是多么妨碍儿童身心的发展：像《论语》《幼学琼林》《周易》《尚书》这些宣扬封建毒素的古书，艰深难懂，逼着学生死记硬背，不懂也不能问。
重点在批判封建教育，揭露私塾残害儿童的身心发展，但百草园毕竟不是学校，不是生产斗争和阶级斗争的课堂，不过是能引起儿童乐趣的地方，所以这不是写两个课堂。
作者写这个私塾老先生，说“早听到，他是本城中极方正、质朴、博学的人”，这是传言，并不是作者的看法。作者的看法已渗透在全篇的叙述中：通过百草园和三味书屋的生动的对比；通过对这位老先生一面教学生死读书、读死书，一面自己在课堂上摇头晃脑地欣赏无聊文章的描写；特别是通过写学生按规矩如何先拜孔子后拜他，鲁迅如何抱着求知的渴望和仰慕的心情拿天真的问题去请教他，而碰了一鼻子灰……说明了他是一个体现孔孟之道的、不学无术的典型腐儒。不过作者还不是把他写得很凶。他对学生也“大叫”“瞪眼”“怒斥”，偶尔也打“戒尺”“罚跪”，但这些都不常用。对这位老先生，作者是用轻松幽默的笔调予以揭露。
这篇散文不仅写景细致，且景中有情。景是儿童心理的景，情是儿童心理的情，使读者感到此情此景亲切可爱：使人爱文中的景，更爱景中的情，更爱有这种天真感情的儿童，从而也就更憎恶夺去儿童“好景”的封建教育。
(李何林《北京市中学语文课本中十五篇鲁迅作品的问题试答》，北京人民出版社1974年版)
雪步认为：“作者通过百草园和三味书屋儿童时代两种截然不同的生活描写，所表达的主题则是揭露和批判以孔孟之道为核心的封建教育制度，从而表现了鲁迅对封建社会及其教育制度的彻底否定。”
(山东师院聊城分院中文系、图书馆编《鲁迅教学手册》)
2.主题不在于批判封建教育制度
张硕城认为：
《从百草园到三味书屋》的主题思想，历来的概括是：通过百草园自由快乐的生活和三味书屋里枯燥无味的生活相比，表现了儿童热爱大自然，追求自由快乐的心理，批判了封建教育制度对儿童的束缚和损害。这一概括，源于许钦文《语文课中鲁迅作品的教学》(上海教育出版社1961年)，为历年来的中学语文教学参考资料所沿袭。
笔者认为，这一概括的前半部分是正确的；后半部分则不符合作品实际，也不符合鲁迅的创作本意。这篇散文，没有批判封建教育制度的意旨。
《从百草园到三味书屋》是《朝花夕拾》中的一篇(原题《旧事重提》之六)，对于《朝花夕拾》全集的写作缘起和本意，鲁迅有过明确的说明。他在《朝花夕拾·小引》中说道，这本散文集是在北京至厦门这段时间写的，在广州编定。其时正是鲁迅生活中最辗转流徙，心情最苦闷的时候。为了“在纷扰中寻出一点闲静来”，鲁迅只能借回忆旧时的美好的事物，来排除目前的苦闷，寻一点“闲静”，寄一丝安慰。《从百草园到三味书屋》正是在厦门大学的图书馆楼上写的，当时他“是被学者们挤出了集团之后”，只好借这样一朵儿时的“小花”，来排遣寂寞。这是一。第二，《小引》还说明，原来集名是《旧事重提》，编定时，“我还替它改了一个名称：《朝花夕拾》”。这一改动，是为了更符合这组散文的内容实际。因为，在苦闷失望中的鲁迅，当时常常回忆起儿时的故乡的瓜果。这组散文，正是浸透着儿时故乡瓜果的清新甜美的滋味的小品，就像鲁迅书桌上的那盆“水横枝”，树叶青葱得可爱。所以鲁迅把这美好的回忆散文，比作一组晨光里绽开的花朵。拾来自赏、自慰，而并不是直接为了战斗。可以说，《朝花夕拾》是一曲少年时代生活的恋歌，而不是投向敌人的投枪和匕首。《从百草园到三味书屋》是其中的一篇，它的创作思想不可能游离于《朝花夕拾》之外。
从作品的实际内容来看，也看不到批判封建教育的意思。首先，百草园和三味书屋的前后描写无法形成所谓“相比”或“对照”，它们在叙述格调上是浑然一体，前后一致的，不存在褒前贬后的问题。百草园生活的描写自不必说，是何等欢乐，天真。三味书屋的生活描写又何尝不是这样。作者描写刚到书屋时对里头的陈设布置首先就充满着新奇的情感，那“黑油的竹门”，“三味书屋”的大匾，“画着一只很肥大的梅花鹿伏在古树下”的画幅，那没有孔子牌位的拜孔子和拜先生仪式，对未脱孩提稚气的鲁迅，充满着一种不同于百草园戏耍的新鲜感。假如说，别了百草园，是令人留恋的；那么进了三味书屋，则又使他的好奇心进到了一个新的天地。当然，“何曰怪哉”之类的好奇，是不可能从先生口中或书上得到解答的，但作者写到这些时，并不认为这是对儿童的束缚，只是说“做学生是不应该问这些事的”。并认为先生是一定懂得的，只不过不愿说。接着，描写了读书生活中的乐趣。“正午习字，晚上对课”，“大家放开喉咙读一阵书”，“人声鼎沸”，“先生自己也念”，而他在念书时，“总是微笑起来，而且将头仰起，摇着，向后面拗过去，拗过去”。这些描写，同样是充满着欢乐、天真的笔调，一种怀着成年人回顾儿童们放声唱读的乐趣，一种从老先生略带迂腐的神态中品出的幽默，交织在文章之中，给人以欢乐、风趣的欣赏效果。这里怎么看得出“枯燥无味”的气息?哪里有批判或贬抑的格调呢?即使是写到戒尺、罚跪，这些封建师道的象征品时，作者也是以一种轻松的口吻写的：“他有一条戒尺，但是不常用，也有罚跪的规则，但也不常用，普通总不过瞪几眼，大声道：‘读书!’”连续两个“不常用”和一个“总不过”，还不足以反映出作者对三味书屋的态度吗?至于写到三味书屋后面也有一个小花园以及儿童们在园中的戏耍，写到上课时偷偷在下面玩纸盔甲，画画儿，就同写百草园欢乐生活更无二致。直到文章结尾，作者还以自己在三味书屋中画画的成绩而自豪，为这些画儿的卖掉而惋惜，在这惋惜之中，我们不是也可以看出作者对三味书屋生活的留恋依依之情吗?从上述所举的这些描写笔调和内容来看，说作者是在批判三味书屋中的封建教育对儿童的束缚，实在有点离题万里。
从作者对两个人物的描写中，我们也看不出褒贬对照的色彩。长妈妈以她的慈爱和动人的故事，赢得了儿童鲁迅的爱；先生则以他的品行“方正、质朴、博学”以及对学生的宽宥获得了少年鲁迅的崇敬。文章是这样描写先生的：他对学生和蔼，开始严厉，后来就好起来。学生溜出花园去玩，并不是不可以，只是去的人“太多”“太久”，就不行了。他不屑于回答“何曰怪哉”之类的怪题，但也不轻易体罚学生，在学生不听话时，“普通总不过瞪几眼”。他有点旧书生的迂腐，但是，这并没有给学生带来一点恶感，更没有在幼小的心灵中留下恐惧的阴影。因此，从作品对三味书屋先生的描写中，也看不出作者有批判封建教育的意思。
应该说，贯穿《从百草园到三味书屋》全文的，是甜美的欢乐的回忆，是一颗天真调皮的童心，这就是这篇散文的意境美和韵味美之所在。依照某种主观需要，凡持革命的文艺家的作品都必带“火药味”的偏见，凭空地把它附会为批判封建教育，把它的前半部分和后半部分作为对照割裂开来，不仅破坏了这篇作品整体的和谐统一，也破坏了它的诗意。因此，《从百草园到三味书屋》的主题思想应该是：通过对百草园和三味书屋美好生活的回忆，表现儿童热爱自然，追求新鲜知识，天真幼稚、欢乐的心理。
1.主题在于批判封建教育制度
李何林认为：本篇的中心思想是揭露和批判封建腐朽、脱离儿童实际的私塾教育，用乐园似的百草园生活来和阴森、冷酷、枯燥、陈腐的三味书屋相对比，一个是多么适合儿童心理，表现了儿童的广阔的生活乐趣；一个是多么妨碍儿童身心的发展：像《论语》《幼学琼林》《周易》《尚书》这些宣扬封建毒素的古书，艰深难懂，逼着学生死记硬背，不懂也不能问。
重点在批判封建教育，揭露私塾残害儿童的身心发展，但百草园毕竟不是学校，不是生产斗争和阶级斗争的课堂，不过是能引起儿童乐趣的地方，所以这不是写两个课堂。
作者写这个私塾老先生，说“早听到，他是本城中极方正、质朴、博学的人”，这是传言，并不是作者的看法。作者的看法已渗透在全篇的叙述中：通过百草园和三味书屋的生动的对比；通过对这位老先生一面教学生死读书、读死书，一面自己在课堂上摇头晃脑地欣赏无聊文章的描写；特别是通过写学生按规矩如何先拜孔子后拜他，鲁迅如何抱着求知的渴望和仰慕的心情拿天真的问题去请教他，而碰了一鼻子灰……说明了他是一个体现孔孟之道的、不学无术的典型腐儒。不过作者还不是把他写得很凶。他对学生也“大叫”“瞪眼”“怒斥”，偶尔也打“戒尺”“罚跪”，但这些都不常用。对这位老先生，作者是用轻松幽默的笔调予以揭露。
这篇散文不仅写景细致，且景中有情。景是儿童心理的景，情是儿童心理的情，使读者感到此情此景亲切可爱：使人爱文中的景，更爱景中的情，更爱有这种天真感情的儿童，从而也就更憎恶夺去儿童“好景”的封建教育。
(李何林《北京市中学语文课本中十五篇鲁迅作品的问题试答》，北京人民出版社1974年版)
雪步认为：“作者通过百草园和三味书屋儿童时代两种截然不同的生活描写，所表达的主题则是揭露和批判以孔孟之道为核心的封建教育制度，从而表现了鲁迅对封建社会及其教育制度的彻底否定。”
(山东师院聊城分院中文系、图书馆编《鲁迅教学手册》)
2.主题不在于批判封建教育制度
张硕城认为：
《从百草园到三味书屋》的主题思想，历来的概括是：通过百草园自由快乐的生活和三味书屋里枯燥无味的生活相比，表现了儿童热爱大自然，追求自由快乐的心理，批判了封建教育制度对儿童的束缚和损害。这一概括，源于许钦文《语文课中鲁迅作品的教学》(上海教育出版社1961年)，为历年来的中学语文教学参考资料所沿袭。
笔者认为，这一概括的前半部分是正确的；后半部分则不符合作品实际，也不符合鲁迅的创作本意。这篇散文，没有批判封建教育制度的意旨。
《从百草园到三味书屋》是《朝花夕拾》中的一篇(原题《旧事重提》之六)，对于《朝花夕拾》全集的写作缘起和本意，鲁迅有过明确的说明。他在《朝花夕拾·小引》中说道，这本散文集是在北京至厦门这段时间写的，在广州编定。其时正是鲁迅生活中最辗转流徙，心情最苦闷的时候。为了“在纷扰中寻出一点闲静来”，鲁迅只能借回忆旧时的美好的事物，来排除目前的苦闷，寻一点“闲静”，寄一丝安慰。《从百草园到三味书屋》正是在厦门大学的图书馆楼上写的，当时他“是被学者们挤出了集团之后”，只好借这样一朵儿时的“小花”，来排遣寂寞。这是一。第二，《小引》还说明，原来集名是《旧事重提》，编定时，“我还替它改了一个名称：《朝花夕拾》”。这一改动，是为了更符合这组散文的内容实际。因为，在苦闷失望中的鲁迅，当时常常回忆起儿时的故乡的瓜果。这组散文，正是浸透着儿时故乡瓜果的清新甜美的滋味的小品，就像鲁迅书桌上的那盆“水横枝”，树叶青葱得可爱。所以鲁迅把这美好的回忆散文，比作一组晨光里绽开的花朵。拾来自赏、自慰，而并不是直接为了战斗。可以说，《朝花夕拾》是一曲少年时代生活的恋歌，而不是投向敌人的投枪和匕首。《从百草园到三味书屋》是其中的一篇，它的创作思想不可能游离于《朝花夕拾》之外。
从作品的实际内容来看，也看不到批判封建教育的意思。首先，百草园和三味书屋的前后描写无法形成所谓“相比”或“对照”，它们在叙述格调上是浑然一体，前后一致的，不存在褒前贬后的问题。百草园生活的描写自不必说，是何等欢乐，天真。三味书屋的生活描写又何尝不是这样。作者描写刚到书屋时对里头的陈设布置首先就充满着新奇的情感，那“黑油的竹门”，“三味书屋”的大匾，“画着一只很肥大的梅花鹿伏在古树下”的画幅，那没有孔子牌位的拜孔子和拜先生仪式，对未脱孩提稚气的鲁迅，充满着一种不同于百草园戏耍的新鲜感。假如说，别了百草园，是令人留恋的；那么进了三味书屋，则又使他的好奇心进到了一个新的天地。当然，“何曰怪哉”之类的好奇，是不可能从先生口中或书上得到解答的，但作者写到这些时，并不认为这是对儿童的束缚，只是说“做学生是不应该问这些事的”。并认为先生是一定懂得的，只不过不愿说。接着，描写了读书生活中的乐趣。“正午习字，晚上对课”，“大家放开喉咙读一阵书”，“人声鼎沸”，“先生自己也念”，而他在念书时，“总是微笑起来，而且将头仰起，摇着，向后面拗过去，拗过去”。这些描写，同样是充满着欢乐、天真的笔调，一种怀着成年人回顾儿童们放声唱读的乐趣，一种从老先生略带迂腐的神态中品出的幽默，交织在文章之中，给人以欢乐、风趣的欣赏效果。这里怎么看得出“枯燥无味”的气息?哪里有批判或贬抑的格调呢?即使是写到戒尺、罚跪，这些封建师道的象征品时，作者也是以一种轻松的口吻写的：“他有一条戒尺，但是不常用，也有罚跪的规则，但也不常用，普通总不过瞪几眼，大声道：‘读书!’”连续两个“不常用”和一个“总不过”，还不足以反映出作者对三味书屋的态度吗?至于写到三味书屋后面也有一个小花园以及儿童们在园中的戏耍，写到上课时偷偷在下面玩纸盔甲，画画儿，就同写百草园欢乐生活更无二致。直到文章结尾，作者还以自己在三味书屋中画画的成绩而自豪，为这些画儿的卖掉而惋惜，在这惋惜之中，我们不是也可以看出作者对三味书屋生活的留恋依依之情吗?从上述所举的这些描写笔调和内容来看，说作者是在批判三味书屋中的封建教育对儿童的束缚，实在有点离题万里。
从作者对两个人物的描写中，我们也看不出褒贬对照的色彩。长妈妈以她的慈爱和动人的故事，赢得了儿童鲁迅的爱；先生则以他的品行“方正、质朴、博学”以及对学生的宽宥获得了少年鲁迅的崇敬。文章是这样描写先生的：他对学生和蔼，开始严厉，后来就好起来。学生溜出花园去玩，并不是不可以，只是去的人“太多”“太久”，就不行了。他不屑于回答“何曰怪哉”之类的怪题，但也不轻易体罚学生，在学生不听话时，“普通总不过瞪几眼”。他有点旧书生的迂腐，但是，这并没有给学生带来一点恶感，更没有在幼小的心灵中留下恐惧的阴影。因此，从作品对三味书屋先生的描写中，也看不出作者有批判封建教育的意思。
应该说，贯穿《从百草园到三味书屋》全文的，是甜美的欢乐的回忆，是一颗天真调皮的童心，这就是这篇散文的意境美和韵味美之所在。依照某种主观需要，凡持革命的文艺家的作品都必带“火药味”的偏见，凭空地把它附会为批判封建教育，把它的前半部分和后半部分作为对照割裂开来，不仅破坏了这篇作品整体的和谐统一，也破坏了它的诗意。因此，《从百草园到三味书屋》的主题思想应该是：通过对百草园和三味书屋美好生活的回忆，表现儿童热爱自然，追求新鲜知识，天真幼稚、欢乐的心理。